PT.  Pelabuhan Indonesia III (Persero) pada awal berdirinya adalah sebuah Perusahaan Negara yang pendiriannya dituangkan dalam PP No. 19 Tahun 1960. Selanjutnya pada kurun waktu 1969 s/d 1983 bentuk Perusahaan Negara telah diubah dengan nama Badan Pengusahaan Pelabuhan(BPP) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 1 tahun 1969. Dan selanjutnya pada kurun waktu tahun 1983 s/d 1992 untuk membedakan pengelolaan Pelabuhan Umum yang diusahakan dan yang tidak diusahakan diubah menjadi Perusahaan Umum(Perum) Pelabuhan berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 16 Tahun 1983 dan Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 1985. Kemudian sejak tahun 1992 seiring dengan pesatnya Perkembangan dunia usaha maka status Perum diubah menjadi Perseroan hingga saat ini dan tertuang dalam Akta Notaris Imas Fatimah, SH Nomor 5 Tanggal 1 Desember 1992 dan telah diubah terakhir dengan Akta Perubahan Nomor 128 tanggal 25 Juni 1998 yang dibuat di hadapan Notaris Rachmat Santoso, SH.

PT.  Pelabuhan Indonesia III (Persero) mengelola sebanyak 40 pelabuhan yang dikelompokkan menjadi 19 cabang dan 21 kawasan yang tersebar di 7 Propinsi yaitu Jawa Timur, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Bali, Nusa Tenggara Barat, dan Nusa Tenggara Timur. Sedangkan Kantor Pusat PT. Pelabuhan Indonesia III (Persero) terletak di Surabaya.