Program investasi yang telah dilaksanakan selama tahun 2011, secara garis besar meliputi :

Meliputi pelebaran Alur Pelayaran Barat Surabaya dari semula 100 m menjadi 150 m dan pendalaman dari -8,5 m LWS menjadi -14 m LWS yang diharapkan meningkatkan efisiensi biaya logistik nasional dan pertumbuhan ekonomi Jawa Timur.

Terminal Multipurpose Teluk Lamong merupakan bagian dari Pelabuhan Tanjung Perak yang disiapkan untuk dapat melayani kapal ukuran besar dengan draft -14 m LWS. Pembangunan Terminal Multipupose Teluk Lamong dilaksanakan secara bertahap dan direncanakan beroperasi pada tahun 2014. Di tahun 2011 pembangunan fisik dermaga dan jembatan penghubung mulai dilaksanakan.

Pelabuhan Tanjung Emas (Cabang Tanjung Emas dan Unit Terminal Petikemas) direvitalisasi dengan membangun sistem polder yang terintegrasi dengan sistem polder kota Semarang. Pada tahun 2011, tahap yang telah dilaksanakan adalah pembangunan Dermaga Pelabuhan Dalam, peninggian dermaga Nusantara dan lapangan penumpukan, pembangunan sistem polder dan pengadaan luffing crane.

Pelindo III menambah fasilitas Terminal Petikemas Banjarmasin dengan membangun Dermaga Petikemas 265 ma?? dan Container Yard seluas 2,7 Ha (direncanakan selesai tahun 2012), menambah head truck dan chasis 5 unit, serta penambahan RTG 1 unit.

Pelabuhan Benoa direncanakan sebagai turn around cruise port dan pusat wisata bahari. Pada tahun 2011, Pelindo III menyiapkan terminal small cruise sebagai pendukung kegiatan kapal cruise, selanjutnya akan dilaksanakan pendalaman kolam pelabuhan dari -9 m LWS menjadi -12 m LWS. Selain itu, telah dimulai pula pembangunan Jalan Tol Nusa Dua, menuju Bandara Ngurah Rai dan Benoa, dimana Pelindo III juga bertindak sebagai pemegang saham.