Perseroan menyadari peranan penting Human Capital Development sebagai mitra strategis manajemen dalam mewujudkan visi, misi dan tujuan usaha Perseroan. Karena itu, Perseroan mengimplementasikan pengelolaan pengembangan sumber daya manusia yang kompetensi (Competency Based Human Resource Management).
Tahapan yang dilakukan adalah mengetahui profil kompetensi jabatan (Job Profile), level kompetensi yang dimiliki oleh pegawai (Employee Profile), dan gap antara Job Profile dan Employee Profile. Alat ukur ini
disebut Behavior Symptom Test (BST) dan telah dibuat dalam bentuk aplikasi berbasis komputer yang terintegrasi dengan sistem informasi yang lain.

Menyadari bahwa setiap pegawai adalah unik dengan talenta yang berbeda-beda, maka Perseroan melakukan Talent Mapping untuk pejabat struktural dengan kelas jabatan tertentu.

Hasil mapping itu sendiri selain digunakan untuk pengembangan pegawai yang bersangkutan, juga untuk mengetahui konfigurasi SDM pelabuhan. Guna membentuk karyawan yang kompeten dan berkinerja unggul, Perseroan menyelenggarakan program diklat yang bersifat meningkatkan kemampuan teknis (hard competency) dan non teknis (soft competency).

Selain itu, Perseroan juga menyediakan beasiswa pendidikan bagi karyawan baik di dalam dan luar negeri. Sebagai sarana yang menjamin hubungan industrial antara manajemen PT Pelabuhan Indonesia III (Persero) dengan Serikat Pegawai Pelabuhan Indonesia III maka telah dilakukan pembaharuan perjanjian kerja bersama. PKB ini merupakan penyempurnaan dan pembaharuan dari PKB sebelumnya yang sudah habis masa berlakunya disesuaikan dengan perkembangan terkini dan tuntutan masa depan. Keberadaan dari PKB ini juga bertujuan untuk menyatukan visi manajemen dan visi serikat pekerja agar terwujud perusahaan yang lebih sehat, efisien, efektif, produktif dan berdaya saing tinggi serta dapat mensejahterakan keseluruhan pegawai/pekerja dan keluarganya.