Pelaksanaan GCG di lingkungan Pelindo III, mengacu pada Peraturan Kementrian BUMN No. 01 Tahun 2011 Board Manual, Code of Corporate Governace, dan Code of Conduct. Sepanjang tahun 2011, pelaksanaan GCG di Pelindo III telah mengalami kemajuan yang cukup berarti, baik dalam lingkup penerapan maupun kedalaman aspek. Perusahaan telah melaksanakan komitmen untuk menerapkan GCG di setiap lini organisasi.

Terdapat beberapa area perbaikan hasil rekomendasi GCG yang telah ditindaklanjuti selama tahun 2011, antara lain:

1. Penandatanganan pernyataan tidak memiliki benturan kepentingan telah dilakukan setiap awal tahun.
2. Penyusunan Risalah rapat Direksi telah dilengkapi dengan dinamika rapat.
3. Publikasi Laporan Tahunan kepada Stakeholders di luar perusahaan telah dilakukan baik melalui surat kabar berskala nasional atau melalui website perusahaan secara tepat waktu.

Berdasarkan survei pemeringkatan implementasi GCG, Pelindo III mengacu pada hasil riset dari LHA BPKP Agustus 2011. Perusahaan berhasil memperoleh nilai 83,43 dengan kategori BAIK.

Kontrak Manajemen memuat indikator kinerja dan target kinerja yang merupakan janji manajemen (Direksi) secara kolegial kepada pemegang saham tentang kinerja yang akan dicapai dalam satu tahun. Kontrak Manajemen dapat digunakan pemegang saham sebagai alat untuk memonitor dan menilai efektivitas pelaksanaan tugas Direksi yang diukur dengan Key Performance Indicators (KPI) yang telah ditetapkan dan ditandatangani oleh kuasa pemegang saham, Komisaris dan Direksi Pelindo III.

KPI Pelindo III Tahun 2011 dituangkan dalam dokumen Kontrak Manajemen yang ditandatangani pada tanggal 11 Februari 2011 antara kuasa pemegang saham Pelindo III diwakili oleh Deputy Menteri Negara BUMN Bidang Usaha Infrastruktur dan Logistik dengan Direksi dan Komisaris Pelindo III.

KPI Kontrak Manajemen Pelindo III Tahun 2011, terbagi atas 6 perspektif yaitu Keuangan dengan bobot 20%, Pelanggan dengan bobot 10%, Proses Bisnis Internal dengan bobot 27%, Learning and Growth dengan bobot 16%, Kepemimpinan dengan bobot 7% dan Produk dan Layanan dengan bobot 20%. Metodologi penilaian KPI menggunakan penilaian KPI Hasil.