Tata kelola perusahaan (GCG) merupakan sistem dimana perusahaan diarahkan dan dikelola. Hal ini mempengaruhi bagaimana tujuan perusahaan ditetapkan dan dicapai, bagaimana risiko dipantau dan dikaji, dan bagaimana kinerja dioptimalkan. Pengelolaan PT Pelabuhan Indonesia III (Persero) dilaksanakan secara profesional, transparan dengan tetap berpedoman pada Peraturan Perundang-undangan yang berlaku dan memperhatikan prinsip transparansi, akuntabilitas, responsibilitas, dan peningkatan kualitas laporan sebagai tanggung jawab utama kepada seluruh stakeholder.

Evaluasi penerapan GCG pada PT Pelabuhan Indonesia III (Persero) tahun 2010 mencakup 5 (lima) aspek pengujian. Evaluasi terhadap penerapan GCG pada PT Pelabuhan Indonesia III (Persero) dilaksanakan berdasarkan metode dan prosedur evaluasi yang dikembangkan oleh Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP) bersama Kementerian BUMN. Metode dan prosedur tersebut mencakup penggunaan indikator dan parameter untuk mengukur penerapan GCG, dengan standar yang dikembangkan terus-menerus oleh Tim Corporate Governance a?? BPKP bekerja sama dengan Tim Monitoring Pengelolaan GCG Kementerian BUMN untuk mengakomodasi perkembangan best practices di bidang tata kelola perusahaan.

Hasil laporan GCG berdasarkan surat No. S-10349/PW13/4/2011 tanggal 30 Juni 2011 tentang Laporan Kemajuan Pelaksanaan Hasil Evaluasi Penerapan GCG pada PT PELINDO III (Persero) tahun 2010.

Adapun aspek penerapan GCG yang dinilai mencakup: Hak dan Tanggung Jawab Pemegang Saham/RUPS, Kebijakan GCG, Penerapan GCG atas organ Komisaris, Komite Komisaris, Direksi, Satuan Pengawas Intern (SPI) dan Sekretaris Perusahaan, Pengungkapan Informasi (Disclosure) dan Komitmen. Dari hasil evaluasi, penerapan GCG pada PT Pelabuhan Indonesia III (Persero) mencapai skor aktual 83,43.